Widnau verfügt über zwei Unterstufenschulhäuser.

Das rote Schulhaus "Rüti" im Zentrum der Gemeinde wurde im Jahr 1931 fertiggestellt. Es beherbergt jeweils zwei 1., 2, und 3. Regelklassen, sowie zwei Kindergartenklassen und den Logopädischen Dienst (LDM).

Das Schulhaus Schlatt öffnete seine Pforten im Sommer 2016. Es befindet sich zentral neben dem Schülerhort und der Gemeindebibliothek. Im Schlatt werden alle Klassen der Unterstufe doppelt geführt. Ebenfalls finden das ESJ (Einschulungsjahr), die Kleinklasse der Unterstufe, zwei Kindergärten und das DaZ-Zentrum (Deutsch als Zweitsprache) Platz in diesem Schulgebäude.
Das vielseitige Raumangebot beinhaltet zudem eine Aula und eine grosszügige Lernlandschaft im ersten Stock.